道光二十年庚子(西元一八四0年),中英鴉片戰爭,清廷為防英軍竄入臺洋,命臺灣道姚瑩嚴防滋擾。姚瑩在查勘了全臺的砲臺形勢後,上呈《臺灣十七日設防圖說狀》,建議在主要及次要的海口十七處,分別設防。當時安平地區計設有:大港砲臺、紅毛城砲臺、天后宮砲臺、安海頭砲臺、灰窟尾砲臺。安平小砲臺即為其中之一。安平小砲台面向台江內海,與西岸的四草砲台形成犄角,同護衛台灣府城及據守安平大港。光復後國軍曾於砲台上建造碉堡一座, 民國79年曾經整修。