關於硬碟的2個小問題

小弟家中電腦有SATA1和PATA133的硬碟一起服役
未來預計有要組新電腦 可能會再買一個新硬碟(SATA 2)
問題來了
系統碟應該用舊的 新的放資料(這樣可以買大的)
還是應該用SATA2做系統碟 舊的做資料碟(這樣購買容量就要取捨 如果系統兼資料碟 風險似乎比較高 )
如果是各位大大不知會如何選擇

還有
我發現在最近在重灌電腦時
要不就是在選擇系統槽畫面的時候自動關機
就是好不容易灌完 拼命當機
然後就說某開機檔案已毀損
是否表示硬碟已出問題

以上問題麻煩各位
謝謝!!