直接copy資料夾有機會copy不到隱藏檔？

之前把某個軟體移動到別的電腦
但是執行上卻有問題
請對方軟體公司遠端看
對方問說我們是如何把軟體移到新電腦的
我說 整個資料夾 複製 貼上到隨身碟，再拿去新電腦

結果沒想到對方說，因為裡面有些隱藏檔會複製不到
要我們 先壓縮做成一個檔案，然後複製這個壓縮檔到新電腦再解壓縮

我當下很疑惑
我是複製整個外資料夾的，不是進去資料夾內再按全選複製
這樣還有可能miss掉隱藏檔案？
那如果windows的複製會miss掉隱藏檔案，壓縮程式可以打包進去又要做何解釋？