關於舊制的賣房 所得稅繳法二選一問題

前言:
之前跟人合夥投資買賣房屋 但是因為代書亂來 搞得買價變得不確定
(代書私下跟賣家交涉等 應該是想A油水 懷疑比表面講的要低)
我現在態度是要安全下庄 只要到時賣屋有賺/沒有賠(會讓對方簽合約保證) 就不去計較了
(因為真要弄清楚應該得要上法庭才行 對大家都沒好處)

也因此打算到時繳所得稅時(是舊制)採用下面第二種方式申報(FROM http://event.393citizen.com/estate2015/)
【土地】：土地公告現值。
【房屋】：
1. 核實認定〔售價-取得成本-取得房屋之相關必要費用(要有單據証明)〕 X 出售時房屋評定現值/(出售時土地公告現值+出售時房屋評定現值)。

2. 財政部公布之標準認定財產交易所得=房屋評定現值X依財政部每年公告財產交易所得標準。 <<<<


想說這樣就不會因為買賣價差影響到要繳的稅(因買價不確定 怕萬一之後國稅局說你少繳等等)

但是我媽說她好像曾看過有案子國稅局說不能採用第二種方式的
所以想上來問一問大家 這二種不是讓人隨便選(比較低的)嗎?
還是說還有什麼附帶條件呢?

謝謝