想請教一下資料庫的高手,關於我構想中的資料庫是否可行

想請教一下版上的各位前輩
我有一個關於資料庫的構想
假設我有1000個excel的檔案
每個excel裡面都有上萬筆的資料
因為excel本身有6萬多筆資料的上限(而且開啟也很慢)
所以我後來是用access把excel匯入成一個檔案
但是目前做到幾十個檔案就發現一個很大的問題
因為把全部的excel檔案匯入成為一個access資料庫
會造成日後若有其中幾個excel檔案要抽離或者更新
會很麻煩.......orz
但是我做這個資料庫又必須一定要能使用"查詢"的功能
不知道版上有沒有高手能稍微指點迷津一下
要怎麼做才能容納如此龐大的資料,又便於更新以及查詢呢?
我access才剛上手,若是問了個白癡的問題還請大家鞭小力一點