請問Goodreader的備份

因為之前預訂的iPad2最近要到了，所以有些問題想先請教一下各位。
我知道iTunes可以備份原本的iPad，包含音樂、照片以及應用程式等，
接上iPad2後可同步進去讓iPad2使用上無縫接軌；
不過問題來了，如果是應用程式裡的資料呢?
尤其是Goodreader!!
因為工作的關係需要大量儲存並閱讀期刊及電子書，
所以一直以來我都是使用Goodreader(C/P值真的高!!)
iTunes可以把我存在Goodreader裡的檔案一併備份然後同步進iPad2嗎?
真的很怕拿到iPad2後還要重新存入檔案，想到整理這項大工程我就開始頭暈@@
先謝過01的各位了!!