農業部作為台肥公司最大股東，持股比例達24.07％，10月31日無預警更換法人董事代表人李孫榮為吳音寧，而李孫榮同時也是台肥現任董事長，遂外界認為此異動等同農業部有意讓吳音寧擔任董座，卻引發外界反彈，因此農業部3日再度公告另一項法人董事代表人異動，將原先的莊老達更換為張滄郎，後續董事會上確定由張滄郎接任董事長，學者就表示，吳本就不具相關專業也不適合該職位，由專業人士主導才可避免政治酬庸疑慮。
據了解，台肥董事長原先為美國環工博士李孫榮擔任，任期尚有2年多，但李為農業部推派的法人董事代表人，卻在10月31日無預警遭撤換，改派法律系出身的吳音寧擔任代表人，後續引發各界議論，學者也直言「吳不具相關專業，根本不適任該職位」，而爭議延燒數日後，農業部於今（4）日台肥董事會前夕的3日，突然公告將法人董事代表人由莊老達，替換為已在台肥耕耘許久的台肥總經理張滄郎。
針對農業部的第二輪代表人更動，外界臆測係因吳音寧爭議過大，才改推人選，而後續董事會也如同外界猜想，決議由張滄郎擔任董事。
前台大農經系主任徐世勳指出，台肥作為台灣最大肥料供應商，業務牽涉國際原料採購、價格波動判斷及政府補貼政策，絕非簡單事務，而吳音寧資歷難以涵蓋台肥的業務及國際貿易專業，徐也直言 ，「實在很難理解怎麼會讓她去做」。
徐世勳表示，台肥不僅涉及高度專業內容，其公司的土地資產也相當龐大，甚至有數筆坐落在台北市，因此台肥根本就不適合由國家部分介入領導，應完全回歸民營，也讓政治酬庸的可能性斬斷，讓專業人士掌管專業事項，也就是說，再怎麼樣都輪不到吳音寧擔任。
