2012年8月27日,項武忠與同在美國的中研院院士王正中在《北美世界日報》舊金山版頭版自費刊登全版保釣廣告,
廣告語為:「胡錦濤、馬英九:你們在中國領土上的軟弱態度,如何對得起炎黃子孫?為我中華國魂,請馬上出兵光復我領土釣魚島;不然,你們將來如何見先祖列宗於地下?」2012年8月29日,項武忠說,在台海兩岸,反對在保釣問題上對日本持強硬立場的人,都是與日本有著經濟利益聯繫的人,「這些人都跟日本有關係,都是跟日本做生意,所以完全把民族大義忘得精光」。
2016年4月16日,中研院召開評議會舉行院長遴選,被媒體披露黑箱作業:前院長李遠哲在投票前提議並主導通過改變選舉辦法,使受其支持的加州大學洛杉磯分校化學暨生物分子工程系主任廖俊智在投票中獲最高票,封殺被指控是「親中人士」的郭位。2016年4月17日,李遠哲不願證實此事,僅表示會議結論應保密卻外洩,他對此很難過,評議員應該一起去跳海。2016年5月1日,項武忠接受風傳媒專訪證實,已發起連署35名中研院院士共同致函總統馬英九,籲請馬英九退回中研院院長遴選候選人名單;項武忠說,中研院評議會有一半評議員皆為非院士的所長級人員,存在各種利益糾葛,已成全院「貪腐中心」,而且被李遠哲把持太久,「中研院變得太政治化了」,李遠哲才應該去跳海。2016年5月14日上午,副總統當選人陳建仁說,中研院院長遴選過程「合理、合法」,應該尊重中研院評議會決定,「應該要彼此尊重,特別是學術自由應該要尊重」;對於項武忠於同日凌晨致函《聯合晚報》質疑陳建仁說法、認為候選人名單基本上已不合法(郭位已經退選,候選人名單至少應有3人),陳建仁回應「我們彼此欣賞啦」;項武忠於同日上午回應,他不認得陳建仁,他與陳建仁從未打過招呼,「彼此欣賞」之說太荒唐。
上面那句話就把現在的當權者得罪光了,
根本就被列入黑名單了,
哪還會接受你其他的意見啊。
人類中最卑鄙無恥的是,
權力擁有者和諂媚權貴者,
藏身安全場所歌詠戰爭,
用愛國心將無知者送往戰場!