usb隨身碟開機的問題

我打算將usb碟做成一支可開機的磁碟機
上網找了下資料發現有HPUSBFW這個工具

但在相關的教學中
對於格式化的方式有看到兩種說法:

1.一定要選FAT格式

2.使用FAT32格式

請問為何會有這種說法上的差異呢?
如果要讓這支可開機的隨身碟可看到NTFS格式的碟碟選FAT格式沒問題嗎?

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目前還看到有用上述2.的做法做了一支開機隨身碟
但卻有無法看到隨身碟、光碟機的情況發生(請見該文後記部份)

我開始迷惑了
不知要如何做才能做出一支功能完整、可看見光碟機和NTFS格式硬碟的開機隨身碟出來
請指教一下謝謝