不過隨著清同治十年的一場大水，不單淹沒了鹿耳門媽祖信仰中心的鹿耳門媽祖廟，也讓本來媽祖廟裡的神像器具四處飄散，而形成了如今鹿耳門一帶有著兩間媽祖廟互爭奪自己才是最早、最正統媽祖廟的特殊局面。
本宮主神為天上聖母鹿耳門媽，是協助鄭成功登陸北汕尾趕走荷蘭人首建媽祖廟供俸，媽祖的神像因為香菸薰染由粉紅色燻染成黑色。
三官大帝是天官、地官、水官，名間俗稱三界公天官為堯帝、地官舜帝、水官禹帝三位古代明君。
感恩碑林龍龜並列是背負捐建天后宮眾人的名子，為重建鹿耳門天后空留下歷史見證
朝拜天井以採光通風之外並象徵步步高升雨天呼應，以民俗來說天井署積水留財著天廬雨天呼應上達天聽
天后宮市民天4479天舉和羅天大醮之創始，自此以後不斷舉行各項明俗文化活動，當天去的時候剛好有看到它們一些活動。
鹿耳門公館是西元1777年台灣知府蔣元樞位大陸來台的旅人之須請奏所建立的。是18世紀台灣的重要建築。
經過了半天的遊玩鹿耳門天后宮後覺得這裡是一個很有歷史背景的地方，也是許多不管是早期還是現在民間信仰的去所，不僅僅帶給海上的漁民平安也常常舉辦一些民俗活動讓一些旅客能去參觀，很建議大家假日的時候可以跟家人一同去遊玩。
