蛇類有Y字型的雙頭生殖器（半陰莖），在一次交配過程中通常只使用其中一個，下一次的交配過程中再交替使用。這種雙生殖器的表面常帶有凹槽、倒鉤或尖刺，用來緊抓雌蛇性器官開口的腔壁，防止雌蛇在交配過程中因扭動而和雄蛇的生殖器分離，並讓精液沿著半陰莖表面的淺溝，注入雌蛇的泄殖腔。而且蛇的陰莖裡有骨骼，牠們一輩子都不用擔心不舉。
關於蛇的生殖器何以演化成Y字形，動物專家王政力表示，有一種說法是這麼解釋：由於蛇沒有手腳，但公蛇能用半陰莖的其中一根來交配，另一個則可以用來刺激母蛇，「但這只是一個推論，尚未獲得證實」。
大部分蛇類在春天出蟄後，就出洞覓偶。雌蛇的皮膚和尾部的腺體能分泌一種強烈氣味，勾引雄蛇前來交配。蛇的交配時間很長，從數小時到數天不等。在交配季節，一條雄蛇可以和很多條雌蛇交配，嘿咻的時間可持續半小時至整天不等。巫山雲雨過後，留存於雌性體內的精子可存活長達3到5年。
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