綜所稅補稅疑問，請專業大大協助一下吧!!

去年是我結婚的第二年，也是我和我老婆一同夫妻申報的第一年，因我老婆是個人工作坊的負責人，就在今天我收到國稅局寄來的單子說要補稅5000多塊，我想請問老婆的工作坊平常都有在繳3個月一次的405財報的營業稅，和我一起申報時就沒有再多Care他那部分，我是以自然人憑證繳交的，為何寄來的單子上仍會有漏報的狀況，是否婚後她的營業稅就會納入我的綜所稅一起繳?
不好意思，因為之前一個人都是用自然人憑證，卡一插要繳多少錢，它都會幫我算好好
但當老婆是某公司的負責人時，綜所稅又一定夫妻共同申報時，這要怎麼算?
能否跪求專業的大大釋疑吧~感謝!!