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政治挂帅的研究
林媽利（1938年5月30日－），是一位台日混血醫師，台灣獨立運動參與者。林媽利的父親林新振是外科醫師，母親是日本人吉武牧野（漢名林媽基）。她長期任職於台大醫院，並任教於國立臺灣大學醫學院，同時也是馬偕紀念醫院醫學研究部輸血醫學暨分子人類學研究室教授。
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數據前後矛盾
在人類組織抗原方面，林媽利所聲稱的台灣人體內單倍型來自原住民的比例從13%（2000-2001年）變到52%（2007年）；在粒線體DNA方面，則是由26%（2006年）變到47%（2007年）。[5]
對於陳叔倬等人的批評，林媽利聲稱13%和52%的差異是因為13%是以早期血清學法的方式取得，而52%是以後期較精確的DNA方法取得。另外，前者的實驗結果(13%)只有比對高山原住民與閩南/客家人的異同，而後者(52%)有加入東南亞島嶼族群，及其他亞洲地區的因素。所以52%代表著台灣人擁有原住民、東南亞島嶼族群，及其他亞洲地區的單倍型(有相同的單倍型一般被認為有共同的祖先)。剩下的48%則擁有台灣人與福建人有相同的單倍型。並非說52%來自台灣原住民。至於陳叔倬對於林媽利母系血緣(mtDNA)的研究的批評 (26%與47%之差別) 也是基本上因為兩個實驗結果是以不同的實驗方式而取得。[7] 但陳叔倬等人在後續的回覆中，再次指出其研究方法和算法的謬誤。[6]
族群認定的標準
林媽利的研究採樣，只要受試者說他是平埔族，這個樣本就被放到平埔族中。因此，一個事實上沒有平埔族血統的受試者，可能藉由自我宣稱而成為平埔族樣本，並使其他不是平埔族血統的樣本也被鑑定為平埔族。相對的，陳叔倬08年的研究採樣則結合了日本時代的戶籍資料，確認受試者的家庭從 19 世紀末以來未曾與漢人通婚，才算是平埔族樣本。[8]
在數據分析方面，林媽利在判定「原住民血統」時採用了「絕對寬鬆標準」，只要研究對象的母系血緣、父系血緣、組織抗原這三個基因系統中有一個與原住民相似，即被歸類於「原住民血統」之列。反之，對於亞洲大陸（漢）的血緣判定則採，則取「絕對嚴苛標準」，必須要三個系統同時不帶有 （at most）所謂的原住民特有基因，才不至於被判定為帶有原住民血緣。同一組數據，卻使用不同的判定標準，有操弄數據之嫌。[5] 主觀喜好下，選擇何種血統來源採用何種標準，也使得台灣漢人血統來源總計達到 267%（按照林媽利算法，三個系統相加85% ＋ 90% ＋ 95%），超過統計學合理表達方式的 100%。[5] 林媽利在後續回覆中，並沒有針對第二個問題進行解釋，也無針對統計方法進行任何修正。[7]
實際上，林媽利也曾用「絕對嚴苛標準」計算過原住民血源。林在2007年的〈Genetic profile of「non」aboriginal Taiwanese〉[9]一文中估計 1.5% 台灣漢人是「純」原住民，因為只有 1.5% 台灣漢人在三個系統下同時帶有所謂的原住民基因。而她在〈永恆的西拉雅族〉[10]一文中則估算 3.5% 西拉雅人是「純」原住民，因為只有 3.5% 的西拉雅人同時帶有三個所謂的原住民基因。
歸類方法不準確
如上所述，林媽利評判時的判定標準是「基因系統有無原住民基因」，而非「原住民基因比例是否比漢族高」，以提高「原住民血統」比例。但人類基因上萬，若依此「絕對寬鬆」標準，只要多檢測幾個基因系統，「原住民血統」的估算比例既可升到99.99%，若按同一標準衡量「漢族血統」，估算比例達到99.99%的速度更快[5]；同一原理，人類與黑猩猩的基因有98.5%完全一致，若藉此表示「100％台灣漢人帶有黑猩猩基因」，實質沒有任何意義。[6] 林媽利對此並無作出回應。
方法論的問題
在慈濟大學教授體質人類學的陳叔倬，以及致力於西拉雅文化的西拉雅族人段洪坤，共同在學術期刊上發表〈平埔血源與台灣國族血統論〉，對林媽利的 2007 年新論點提出方法上的質疑。[11] 首先，他們質疑林媽利的數據前後矛盾。在人類組織抗原 (HLA) 方面，2000-2001 年的林媽利指出 13% 臺灣人的單倍型來自原住民；為何 2007 年的數據變成 52%？在粒腺體 DNA 方面，2006 年的林媽利指出臺灣人有 26% 擁有來自原住民的母系血緣；為何 2007 年的數據變成 47%？
其次，在三個基因系統當中，只要有一個與原住民相同，就被林媽利歸類為原住民血統。然而，人類的基因有數萬個。只要分析更多基因，則任一基因系統與原住民相同的比例就會愈高。陳叔倬與段洪坤指出：「如此持續的進行更多的基因系統分析，可以得到99.99% 臺灣漢人都有原住民血統的結論。」第三，根據同樣的計算方式，只要有一個基因與亞洲大陸族群相同，也可歸類為亞洲大陸血統。如此一來，可得出 87% 臺灣人帶有亞洲大陸的血統。為何林媽利只選擇性地公布85% 臺灣人帶有臺灣原住民的血統呢？
林媽利在回應陳叔倬與段洪坤的文章中，並未回答上述三個問題，而是質疑他們的動機。林媽利指出陳叔倬與中國復旦大學有合作關係，「他的為文攻擊臺灣的研究是不是為了配合中國復旦大學同事的論調？是不是有漢人血統論的政治意圖？」[12]
陳叔倬與段洪坤再次回應：「林媽利醫師選擇迴避我們的質疑，卻花較多篇幅提出非關〈平埔血源與台灣國族血統論〉內容的問題。」他們要求林媽利正面回應他們的三個問題。此外，陳叔倬與段洪坤反批：「林媽利醫師單純認為屬於科學研究的祖源基因檢驗，其本質更存在著政治意圖。」他們引述人類學者 Brodwin 的警告：「利用特殊的遺傳指標排列、或 Y 染色體與粒線體 DNA 上獨特的變異來確認我們與祖先的關聯性，不僅僅是實驗室中的技術問題，更是一種政治問題：在我們社會中，誰會去進行檢驗？誰提供這種服務？給予遺傳數據意義者又是誰？這不僅僅是遺傳或是生物研究，同樣也是政治運動，因為這牽涉到個人與族群、種族、或國族群體意識之間的擁抱與背離。」[13]
各說各話
林媽利並未再回應陳叔倬與段洪坤，而是將她過去關於臺灣人基因研究的文章與講稿集結成書：《我們流著不同的血液》。在序中，林媽利暗指陳叔倬與段洪坤是北方漢人血統論者，並宣稱要「堵住臺灣人的北方漢人血統論者的嘴巴」(頁11)。由於這本書是集結林媽利不同年代的作品，因此，同一本書當中出現許多不一致的結論。例如，頁 79 與頁 199 指出「臺灣人 13% 的基因是來自原住民」；頁 64 指出「臺灣人有 26% 擁有來自原住民的母系血緣」；頁 112 指出「85% 的臺灣人是帶有臺灣原住民的血緣」；頁 48 指出「原本推測臺灣人 85% 帶有原住民基因的結果，頻率可能需要再向上修正」。[14]
2009 年，陳叔倬取得史丹福大學人類學博士學位。他的博士論文分析了 172 個平埔族 (包括巴宰族、西拉雅族) 樣本、34 個居住在西拉雅吉貝耍部落 (位於臺南縣) 的漢人樣本、138 個臺南漢人樣本，並對照已發表的高山原住民基因數據與中國漢人基因數據。值得一提的是，對於平埔族樣本的認定，陳叔倬採取不同於林媽利的方式。在林媽利的研究中，只要受試者說他是平埔族，這個樣本就被放到平埔族中。因此，一個實際上沒有平埔族血統的受試者，可能藉由自我宣稱而成為平埔族樣本，並使其他沒有平埔族血統的樣本也被鑑定為平埔族。陳叔倬則結合日本時代的戶籍資料，確認受試者的家庭從 19 世紀末以來未曾與漢人通婚，才算是平埔族樣本。他的分析結果顯示，臺南漢人的基因較接近中國南方漢人，不同於平埔族。至於居住在吉貝耍部落的漢人，其父系血緣較接近臺南漢人與中國南方漢人；其母系血緣較接近吉貝耍的平埔族。[15]
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