1997年，慈濟將變更案送台北市都發局，遭都發局駁回；1998年，大湖里里民公投反對慈濟對保護區進行開發，並建議慈濟將該地規劃為水保公園。
2004~2007年慈濟又將變更案送台北市都市計畫審議委員會，規劃案從原本的兒童醫院改為志工大樓，希望能闖關成功，甚至爆出對委員進行關說。當時該案在姚仁喜等委員的反對下，暫時沒有通過。
2010年9月28日，慈濟和市政府進行三次討論會後，提送10月25日都委會的大會進行審議，再度要求要將保護區變更開發。送審內容中，慈濟對環境保護問題只有輕描淡寫的帶過，對於造成居民淹水的疑慮未做正面回答，而細部計畫和開發計畫更是避而不談、支字未提。
審議過程中，一位委員堅決表示反對變更開發，兩位委員表示慈濟該案說明不清，充滿疑慮，其他委員都沒有表示意見(沒有任何委員明確表態贊成)。在這樣的情況下，林建元副市長個人建議「以通過變更案為前提」，讓慈濟回去補齊相關資料，送11月中的都委會再審。
台北市的市政白皮書中提到：「台北市目前的生態課題有1.人為開發導致山域、水域環境破壞；2.土地開發、不透水面增加，使逕流量增加；3.自然生態敏感區受衝擊與破壞。..佔台北市一半以上面積的環境敏感地區(包括保護區、風景區、行水區)，應予以積極保育。」
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慈濟不是反對蘇花高，這算自打嘴巴嗎
原來建蘇花高是破壞環境，建他們的東西在集水區可以
