印章和身分證影本

我的小表弟最近找到一份工作，除了許許多多的證明文件之外，公司還規定要繳交一顆印章和身分證影本 (身分證影本還要註明只限他們公司使用)。詢問了繳交印章的用途，對方回答是方便會計師報稅用的，在職期間，印章都要存放在公司。
這是一份正職的職缺(不是臨時工)，薪水採直接轉帳到銀行帳戶，實在不曉得為何要印章。(我知道在很久很久以前，很多公司發放薪水是直接給現金，所以員工領薪水時需要蓋章。但每個月追人太麻煩，因此會要求員工刻個便章存放在公司相關單位。)
由於我待過的幾家公司，發放薪資都是直接轉帳，報稅時人事單位會發給憑證，從來不曾繳交過什麼印章。小表弟的家人很擔心，當然，印章隨便要刻都有，公司愛刻幾個就刻幾個，或許也不用想那麼多。但我比較好奇的是，為何公司要員工繳交印章呢?有沒有什麼要注意的事項? 謝謝。
P.S. 之前有不法老闆用員工當人頭開支票結果落跑. 請問公司可以私下拿員工的印章和身分證影本去辦支票戶嗎?