台灣高鐵公司的股份最初全由民營企業持有,但因台灣高速鐵路通車後的財務狀況負荷太重[6],遂於2015年實施台灣高鐵財務改革談判,由於民間財團與公共利益分配問題,一度傳言即將破產倒閉[7],最終妥協為先由原始股東減資6成後,再由公營及泛公營企業[8]注資新臺幣300億元,使政府掌控股份達到超過6成[9];此方案實施後,台灣高鐵公司清償結構被調整,實質上成為國有企業,交通部為最大股東並已掌控實質經營,也變相使台灣高速鐵路的BOT營運模式提前結束。2016年10月27日,台灣高鐵公司於臺灣證券交易所股票上市,此後高鐵債務獲得緩解,加上每年獲利穩定增長,高鐵經營逐漸好轉,成為西半部的重要客運工具之一。