深圳-香港機場-九龍流程

小弟曾經在香港自由行過
但這次是為了商務關係需要前往深圳
而有些出入境的疑惑
想來請教是否有人有這樣的經驗可以解惑 ^^"

目前去程以
班機抵達香港機場後
到E2買船票(來回票)到福永碼頭
在寶安區洽公

兩三天後
回程時,因為選擇班機較晚
想在搭機前,進想港市區,九龍逛逛
前提是,還是以搭船方式從福永碼頭回到機場

我的疑問是
到了機場海天客運碼頭後
是直接在"海天客運碼頭"搭"旅客捷運系統"
到二號客運大樓搭機場快線嗎?
這中間會經過什麼檢查嗎?
這樣是不是無法享受回程船票的退稅?

謝謝