私有地、國有財產局地問題

     日前收到國有財產局租金繳費通知，才知道我們家有一部份是國有財產局土地。
     納悶的是，我們房屋之土地所有權部，登記於民國81年11月份。土地標示部，登記於民國85年5月份。
       而國有財產局之土地所有權部、土地標示部第一次登記皆於於民國100年8月份。
     現居房屋興建完工，並取得建照時間為民國87年4月份。
     換句話說，房子建完取得使用執照後約3年，國有財產局才登記該筆地號。


想請教各位先進：
1、我們家的土地與國有財產局，登記的先後關係有無異常，正確嗎？
2、既然我們可以取得房屋使用執照，照理說土地方面理應都沒問題才對，為什麼還會侵佔到國有財產局土地。
3、若租金都不繳，是否最後會走法院。若連法院皆不過去，最終會如何？


感激不盡