常有台灣漁船被菲律賓武力押往巴丹群島,
而政治大學歷史系有針對菲律賓巴丹群島主權做過研究報告,
該群島存有主權爭議性.
巴丹群島領土主權問題之研究
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海權屬於原住民族（吳文凱）
農委會主委日前建議廢除北緯暫定執法線並將呂宋島附近列為危險海域，在外交攻防看似更上一層，但卻非長久之計。筆者就以原住民海域自治觀點，提供政府具有主權象徵亦符合世界潮流的解決方案。
承諾共同保護管理
首先，海域自治範圍探討。巴士區域（Bashiic Area）一詞源於1972年由日本人類學者Shigetoshi Setoguchi和Yukihiro Yamada於人文科學研究報告中所使用。其此一名詞的設計以這個區域民族語言的互通性為基礎、以巴士海峽為劃分。島嶼居於海峽兩岸統稱「巴士區域」，其涵蓋範圍包括：巴士海峽以北為Botel Tobago（今蘭嶼），而巴士海峽以南則為Batanes Islands（巴丹群島）。由於彼此間的文化及其語言的親屬性（達悟族與巴丹島人民），1998年台灣與巴丹首度舉辦「蘭嶼、巴丹尋根文化之旅」，正式開啟民族交流並於2003年簽署合作備忘錄，最後雙方簽訂《友好同盟》（Treatyof Amity）並承諾加強互訪、開放領空與海界以及共同保護、開發洋資源與管理。
原住民海域共治實例。1975年巴布新幾內亞脫離澳洲管轄而為解決托雷斯海峽之間海域衝突澳洲政府於1978年與新幾內亞簽署《托雷斯海峽條約》（The Torres Strait Treaty）。
條約賦予設立托雷斯海峽保護區，承認海峽間島嶼人民得以持續進行傳統的生活方式與自由貿易的往來。隨後於1994年成立托雷斯海峽區域管理局（TSRA），其中以托雷斯選舉委員會以及行政部門為主要的政治單位。前者由島民選舉產生20位代表主要掌理預算審理與政治執行，後者為管理局之庶務行政。
凸顯政府思想落伍
自治範疇包括海事資源管理、部落與文化保護、漁業經濟發展以及環境生態永續經營等。2010年托雷斯島民更取得40000平方公里的海域自治權，成為澳洲歷史上原住民爭取傳統領域的最成功案例。
2007年聯合國大會通過《原住民權利宣言》賦予原住民自治的國際法源地位並於宣言第36條款中提及原住民族外交的獨立自主其國家政府應予以尊重。當原住民自治已是世界的共同語言，而台菲衝突至今仍停留在傳統主權的迷思，如此只是凸顯台灣政府對於原民自治思想的落伍。
最後，農委會的評估確定向內政部請益修訂法律的同時，原住民委員會應立即介入，否則台灣原住民外交將毀於一旦！
這説法也蠻有道理的！
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