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大馬1251 wrote:
補充：劍橋大學的這篇文章在副標題《COVID-19從中國和亞洲傳播到澳洲，歐洲和北美》
然後又在第一段說《COVID-19感染從武漢擴散到歐洲和北美》。
(恕刪)
是的
劍橋大學的網站 也有說明
https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins
COVID-19: genetic network analysis provides ‘snapshot’ of pandemic origins
Study charts the “incipient supernova” of COVID-19 through genetic mutations as it spread from China and Asia to Australia, Europe and North America. Researchers say their methods could be used to help identify undocumented infection sources.
研究通過基因突變繪製了COVID-19的“初期超新星”，當它從中國和亞洲傳播到澳大利亞，歐洲和北美時。研究人員說，他們的方法可用於幫助識別未知的最初感染源。
這篇有說
Forster and colleagues found that the closest type of COVID-19 to the one discovered in bats – type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type.
福斯特和他的同事發現，搜尋蝙蝠體內最接近的COVID-19類型-“ A”型“原始人類病毒基因組”出現於武漢，但令人驚訝的是，它不是該城市的主要流行的病毒型別。
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表中44個A型病毒案例，有16個中國患者，9個美國患者，5個韓國、5個澳洲、3個日本、2個英國、1個香港、1個台灣、1個越南、1個比利時。
B型病毒案例有93個，有54個中國、8個美國、6個日本、5個新加坡、4個法國、3個台灣、2個泰國、2個加拿大、2個德國、1個香港、1個韓國、1個柬埔寨、1個尼泊爾、1個義大利、1個澳洲、1個墨西哥。
C型病毒案例有23個，有5個新加坡、5個法國、3個義大利、2個英國、2個澳洲、1個瑞典、1個美國、1個巴西、1個台灣、1個香港、1個韓國。
所以，不管是A型或B型，採集到的中國患者個數都是最多（A型16個、B型54個），美國其次（A型9個、B型8個）。
作者所謂在中國流行的是以B型為主，意思是中國70個患者中有54個是B型，占77.1%；
A型在美、澳有顯著比例，意思是美、澳合計26個患者（美國18個、澳洲8個）中，有14個是A型，占53.8%，
C型是歐洲主要流行種，意思是歐洲21個患者中，有11個是C型，占52.4%。
所以，作者並不是說A型只在美、澳流行，當然更不是說A型是在美、澳先流行起來。
從表中最右邊一欄的採集日期可以看出，
從1/5到1/21最早採集到的15個A型案例，都是中國患者，
美國第一個採集到的A型患者是在1/22。
當然，採集日期不能代表感染日期或病毒初次出現的日期，
但至少從作者的原始數據中，無論是病例數或採集日期，
完全不可推論出A型是在美國先流行，後來才傳到中國。
如果是B型病毒，從12/24到1/8最早採集到的25個病例都在中國，
東亞以外第一個採集病例是1/23的加拿大，
而且這個病例前面標示著derived，表示這是從中國的祖代B型病毒演化出來的。
至於作者認為病毒起源於何處，其實看文中所附的病毒譜系圖就很清楚了：
人類病毒的祖代是來自雲南的蝙蝠病毒，
而這個雲南的蝙蝠病毒，根據武漢病毒研究所所提供的資料，早在2013年7月24日就已發現。
從這個蝙蝠病毒，根據譜系圖上的節點數來算，經過17次突變後演化成A型人類病毒，
A型及其突變演化的後代在中、美、澳、歐、東亞都有病例；
之後A型又經過2次突變後演化成B型病毒，
B型及其突變演化後代在中國及東亞大流行起來，在美、加、澳、歐也有病例，再從歐洲傳到墨西哥；
B型又經過幾次突變演化成C型病毒，再傳到東亞、澳洲、歐洲、美國，再傳到巴西。
前面很多貼文引用的是各媒體的報導文章，有些記者的敘述和理解其實並非作者本意，麻煩還是去看過原始論文再說吧。
摘要與圖表
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
全文
https://www.pnas.org/content/pnas/early/2020/04/07/2004999117.full.pdf
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turtlins wrote:
關於A型病毒的問題，(恕刪)
其實 , 這個圖有標示 "基因距離" (時間軸) , 可以看 Bat 病毒和 A 簇 (節點) 的遺傳距離 非常遠(17次突變) 每個節點 是 擁有 相同的突變
不但遠離 同一 A 這一群 , 也遠離 B 和 C
Phylogenetic network of 160 SARS-CoV-2 genomes. Node A is the root cluster obtained with the bat (R. affinis) coronavirus isolate BatCoVRaTG13 from Yunnan Province. Circle areas are proportional to the number of taxa, and each notch on the links represents a mutated nucleotide position.
160個SARS-CoV-2基因組的系統發育網絡。節點A是用雲南的蝙蝠（R. affinis）冠狀病毒分離株BatCoVRaTG13 獲得的根簇。圓圈區域與分類單元的數量成正比，鏈接上的每個缺口代表一個突變的核苷酸位置。
RaTG13 是武漢病毒研究所 石正麗採集自 雲南的山洞
對照 Phylogenetic tree , 上游基因(clade 2)就能找到 SARS 和 Bat CoV , 而不能叫"武漢病毒" 的病毒(clade 3)是它們的 子代病毒 , 它們有親子關係
當然 上游基因(clade 2) 遺傳距離比較遠 , 同為 (clade 3) 這一群(包含 A型 B型 C型)的距離 當然比較近
而且 (包含 A型 B型 C型)彼此之間還發生 "雜交"
武漢病毒研究所 還有很多 其它的 蝙蝠病毒
例如 Nature Medicine 的這一篇報告 , 就提到它們還有 編碼新型，人畜共患的冠狀病毒刺突蛋白的嵌合病毒-(SHC014-MA15）
《A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence》
Nature Medicine 的這一篇報告 , 就昭告全世界, 做出實驗室合成出來的病毒 !
https://www.nature.com/articles/nm.3985?fbclid=IwAR0iTTfDlT-uxNFPtvQH-xFrF6QaF1hKE1Ey2TPrEi17XfFUElbpUlAosDc
作者當中就有 武漢病毒研究所 Zhengli-Li Shi 石正麗
從中國馬蹄蝠(Chinese horseshoe bats)分離的RsSHC014-CoV序列中構建了, 一種編碼新型, 人畜共通 , 有冠狀病毒spike刺突（S）蛋白的嵌合病毒(SHC014-MA15）。
這種嵌合的新病毒表面之spike刺突（S）蛋白, 能結合 ACE2(血管緊張素轉化酶2) 和CD209L受體 。
2015年Zhengli-Li Shi 石正麗 就能將 無法感染人的蝙蝠Bat -S CoV 嵌合 SARS-CoV 病毒 , 創造成新的 (SHC014-MA15）, 確實產生會感染人的合成病毒 , 還發表在期刊上
這篇就說了
Therefore, to examine the emergence potential (that is, the potential to infect humans) of circulating bat CoVs, 因此，為了檢查循環蝙蝠冠狀病毒的出現潛力（即感染人類的潛力）
we built a chimeric virus encoding a novel, zoonotic CoV spike protein—from the RsSHC014-CoV sequence that was isolated from Chinese horseshoe bats1—in the context of the SARS-CoV mouse-adapted backbone. 我們從中國馬蹄蝠1分離的RsSHC014-CoV序列中構建了一種編碼新型，人畜共患的冠狀病毒刺突蛋白的嵌合病毒- 在適應SARS-CoV小鼠的骨架中。
The hybrid virus allowed us to evaluate the ability of the novel spike protein to cause disease independently of other necessary adaptive mutations in its natural backbone。雜交病毒使我們能夠評估新型刺突蛋白引起疾病的能力，而與自然骨架中其他必要的適應性突變無關。
Using this approach, we characterized CoV infection mediated by the SHC014 spike protein in primary human airway cells and in vivo, and tested the efficacy of available immune therapeutics against SHC014-CoV. Together, the strategy translates metagenomics data to help predict and prepare for future emergent viruses.使用這種方法，我們表徵了原代人氣道細胞和體內 SHC014突觸蛋白介導的冠狀病毒感染，並測試了針對SHC014-CoV的可用免疫療法的功效。該策略共同轉換了汎基因組學數據，以幫助預測並為將來出現的病毒做好準備。
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文章編號：77170411
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文章編號：77170526
herblee wrote:
武漢病毒研究所 還有很多 蝙蝠病毒
例如 Nature Medicine 的這一篇報告 , 就提到它們還有 編碼新型，人畜共患的冠狀病毒刺突蛋白的嵌合病毒-(SHC014-MA15）
Nature Medicine 的這一篇報告 , 就昭告全世界, 做出實驗室合成出來的病毒 !
你這隻美國大外宣漏出了馬腳,
想把新冠肺炎是合成病毒, 套在中國頭上.
既然你看過那篇論文,
你為什麼不敢提這篇論文的研究是在美國UNC(University of North Carolina at Chapel Hill)做的,
而且共有15個作者, 石正麗排到第14,
看來這個病毒是美國合成的才對吧.
