國造海鯤號潛艦單價是德國212-CD型潛艦的1.8倍，中國039B潛艦的3.7倍。事實上，海鯤號潛艦不僅是貴得離譜，且因其未配備絕氣推進(AIP)系統，致使其持續潛航時間約略只有3至4天。然從附表「國造潛艦與當代先進傳統潛艦比較概略」可知，國造潛艦的持續潛航時間不只遠遜於俄羅斯拉達級潛艦的45天、德國212-CD型的42天，也不如日本大鯨級潛艦與中國039B潛艦的21天，而只有瑞典A-26潛艦的1/6。
平心而論，台灣在建構國造潛艦部隊（不含美國贈予的兩艘訓練用潛艦與購自荷蘭的現役潛艦）方面，有以下幾項嚴重缺陷：
首先，單價17億美元並不包括先期的設計費。如此離譜且昂貴單價背後所潛藏的問題，不只是海軍潛艦部隊戰力的深層問題，縱容軍備貪污早已蔚為風尚，如此腐化之舉與國人的漠視，猶如「飲鴆止渴」。
其次，後續同級國造潛艦約14億美元。2023年9月28日國造海鯤號潛艦舉行下水儀式，半年後海軍公布繼海鯤號潛艦後所增建的7艘同級潛艦，共計2,800億台幣，每艘要減3億美元。然此為當前的估價和預算，但因最後一艘要在2035年才完工，建造經費只會更多，絕對不會更少。
最後，過分誇大作戰價值。海鯤號潛艦舉行下水儀式時，負責人黃曙光在記者會上說：「海鯤號潛艦服役後，將不會讓人民解放軍海軍的潛艦進入太平洋」，如此豪語聽起來很爽，卻是誇大之語。
