日、菲兩國將啟動專屬經濟區（EEZ）劃界談判，在野憂心除了影響台灣權益，更壓縮台灣漁民的作業空間，呼籲政府要參與日菲未來談判，更提案要求行政院長卓榮泰赴國會專報，公開說明因應對策。外交部長林佳龍則表示，日、菲啟動EEZ談判是針對中國，為的是穩定區域和平，對台灣則沒有國際法上的約束力。
外交部長林佳龍4日表示，「其實日、菲最主要是針對中國啦，因為中國的軍事擴張已經到太平洋，就是我們台灣的東部，而且中共軍艦跟飛機都出入在釣魚台，還有巴丹島附近的海域。因為中國在破壞現狀，所以我們周邊的國家要增加互相合作，這都有助於維持台海，還有我們第一島鏈的和平跟穩定。」
林佳龍更指出，中國出面抗議日、菲是倒果為因，因為中國無權代表台灣，再加上台灣、菲律賓和日本同樣面對中國的軍力擴張，對岸才是製造問題的人。國民黨立院黨團則質疑，EEZ談判劃設範圍與台灣經濟海域重疊，憂心漁權爭議將走向常態化，不僅呼籲政府要參與日菲未來談判，更提案要求行政院長卓榮泰赴國會專報，公開說明因應對策。
國民黨立院黨團總召傅崐萁質疑，「日菲共同討論經濟海域相關的問題，竟然在台灣的家門口來討論。我們台灣的經濟海域是歸屬在日方還是菲方，從頭到尾都沒有跟我們談，賴清德視而不見，我們就正式在院會提出。」
民進黨立院黨團書記長范雲認為，「誰希望在這個時候不希望日本跟菲律賓合作的，那就是中國嘛。因為他們2個合作不是要對抗台灣，是要對抗中國在軍事上、在漁業上，對他們的主權相關範圍的侵占、侵犯跟協商。」
民進黨團強調，只要涉及我國主權就支持政府強力交涉，但也提醒，面對中國軍事擴張及在印太地區塑造新常態的企圖，不應忽略日、菲強化合作的戰略背景，否則無異是落入中國試圖分化台灣社會的陷阱。
