公假算在工時裡面嗎？

最近跟朋友聊天聽到一個故事，個人覺得不太合理
某天早上朋友因為公事而請了公假（是公司叫他請的公假）
後來中午下午事情處理完他也就回公司了
但到晚上因為有一些臨時的事情要處理所以留在公司加班到晚上九點十點
隔天他跟公司申請加班，結果他們公司的回應是
因為早上請了公假到下午才回來，上班時間是從他進公司打卡後起算八小時
前面時間都不算上班工時，所以原本可以報到四小時的加班變成剩下一小時
我聽了就覺得超怪，明明是公假，而且就算不是公假，只要請假就不會影響到上下班時間吧？
如果表定八點上班五點下班，可是你請了特休一小時，九點進公司，那當天下班時間不也是五點嗎？
更何況還是公司叫他請的公假，那照他們公司的意思不就是
假設我今天要外出處理公事請了一整天公假八小時
那我好不容易處理完了之後，還得回公司再工作八小時而且還不能算加班？
小弟我社會經驗不多，想問問版上各路大神覺得這件事情是否合理？