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文章編號：87003179
skistosais wrote:
美國能源部最新得出的...(恕刪)
查了一下，美國能源部與美國衛生及公共服務部的簡介：
美國能源部（英語：United States Department of Energy），是美國聯邦政府負責能源政策制定，能源行業管理，能源相關技術研發、武器研製等職責的行政部門。能源部最初旨在能源生產與管理，後主要傾力在發展更好的技術、更有效率的能源以及能源教育上。冷戰落幕後，能源部也投入放射性廢料處理的相關研究以及環境品質的維護。
美國衛生及公共服務部（英語：United States Department of Health and Human Services，縮寫：HHS；中國大陸譯為美國衛生與公眾服務部），是維護美國人民健康，提供公眾服務的聯邦政府行政部門。
從上述的說明來看，美國能源部負責的業務，與醫療方面是八竿子打不著。
不如說是美國衛生及公共服務部得出的結論，可能還比較有說服力。
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文章編號：87008698
Panchrotal wrote:
兩年不見你還在唬爛啊
林北將S蛋白1273個基因組全部比對
MP789的S蛋白相似度低於RaTG13
你還在唬爛有98%相似
還在散布切下S蛋白裝上MP789的謠言？
唬爛 ?
林北?
全部比對了嗎 ?
SARS-CoV2 的RBD receptor-binding domain (RBD抗原決定區) 為spike protein 中胺基酸319-529 位點，
而其中的(receptor-binding motif；RBM抗原決定簇)為胺基酸437-508 。
RBD 中的 RBM 負責結合 ACE2 , RBM 是主要的抗原決定簇，能夠引發中和抗體的產生。
因此，"中和抗體"靶向 RBM 並與 ACE2 受體 做 競爭結合。
和上次不了解抗體的 Fab 如出一轍
不是整個S蛋白這麼大都拿來嵌合受體 , 是RBD區當中的RBM才結合ACE2受體
Nature volume 581, pages215–220 (2020)
Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor
Panchrotal wrote:
不服的話，我隨時可以再列一次1273基因完整比對
看看你唬爛的98%相似度實際上多少
RaTG13：MFVFLVLLPL
SARS-2：MFVFLVLLPL
MP789 ： MLFFFFLHFAL
這一篇
PLoS Pathog
2020 May 14;16(5):e1008421. doi: 10.1371/journal.ppat.1008421. eCollection 2020 May.
Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?
自己看圖 , 上方比對 核苷酸nucleotide , 下方比對 氨基酸 Amino Acid
100% 是 SARS-2 , 其它拿來比對的有
Bat-CoV-RaTG13、Bat-CoV-ZXC21、Bat-CoV-ZC45、SARS-CoV 和 pangolin-CoV-2020 。
綠線表示SARS-CoV，
灰線表示Bat-CoV-ZXC21，
黃線表示Bat-CoV-ZC45，
橙線表示穿山甲-CoV-2020，
淺藍線表示Bat-CoV-RaTG13；
橙線穿山甲-CoV-2020 和 淺藍線Bat-CoV-RaTG13 和 100% 的SARS-2 最接近在最上方
請看 RBM 那一區 , 所有線都掉下來 , 包括淺藍 , 只有橙線橘色的穿山甲-CoV-2020(MP789)持平, 核苷酸nucleotide維持約90%, 而氨基酸 Amino Acid接近100%,橘色曲線沒有掉下來
那一個比較接近 ? 圖型很清楚
再看
BMC Res Notes. 2020; 13: 398.
Published online 2020 Aug 27. doi: 10.1186/s13104-020-05242-8
PMCID: PMC7450963
PMID: 32854762
The receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein is the result of an ancestral recombination between the bat-CoV RaTG13 and the pangolin-CoV MP789
該實驗拿武漢-滬-1號病毒 序列做為研究圖中的參考序列(基準)。
使用 MAFFT v7.3 比對和分析序列，並使用 BioEdit v7.2 和 Jalview v2.11 進行編輯。
用j Modeltest2程序確定序列集的核苷酸替換模型，並使用Mr. Bayes程序獲得系統發育樹。
標有 (?) 的黑色小圓圈表示 SARS-CoV-2_Wuhan_Hu-1、RaTG13、RaTG13、MP789 和 RmYN02 的假設祖先。數字表示分隔每個單倍型的突變數量
單倍型網絡顯示穿山甲群和 4 個假設的祖先單倍型之間形成了一個環，表明在該簇內發生基因交換。此外，該網絡表明此分析的 4 個分離株（SARS-CoV-2、RaTG13、MP789 和 RmYN02）與這 4 個假設的祖先不同。
儘管 SARS-CoV-2 和 RaTG13 CoV 的基因組核苷酸同一性為 96.2% ，S 基因核苷酸同一性為 93.15%，但在系統發育樹和單倍型網絡規則中, 顯示出差異, 找出這兩個分離株之間的直接親本關係。
將 SARS-CoV-2 與 RaTG13 和一組穿山甲 CoV 進行比較時，S 基因出現負選擇
在 SARS-CoV-2、RaTG13 和 MP789 之間進行了 MK 測試，結果表明 SARS-CoV-2 和 RaTG13 CoV 之間的同義（dS）替換多於非同義（dN）替換，表明負選擇（NI > 1). 然而，在 SARS-CoV-2 和 MP789 CoV 之間發現了相反的情況，表明正選擇（NI < 1）
SARS-CoV-2 預測的負選擇是由於其與 RaTG13 CoV 的高度相似性，因此，不支持 dN 替換的固定。
儘管 RaTG13 蝙蝠 CoV 的 S 蛋白與 SARS-CoV-2 的 S 蛋白具有高度核苷酸同一性，但系統發育樹和單倍型網絡表明這些 CoV 之間存在非直接親子關係。
此外，SARS-CoV-2很可能通過重組從MP789穿山甲CoV獲得了S蛋白受體結合域（RBD）的基本功能，並且高度保守。
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文章編號：87008774
herblee wrote:
而S蛋白有98%和廣東的穿山甲冠狀病毒MP789相似
就像 以 RaTG13 為骨幹 , 再切下原S蛋白, 裝上MP789的S蛋白
herblee wrote:
不是整個S蛋白這麼大都拿來嵌合受體 , 是RBD區當中的RBM才結合ACE2受體
自己說S蛋白被人為剪下裝上相似度98%
被打臉後改口只有其中一小段
改口不是整個S蛋白只有RBM？
那前面說切下S蛋白是不是被推翻？
請問你的98%從哪裡算到哪裡？
herblee wrote:
全部比對了嗎 ?
SARS-CoV2 的RBD receptor-binding domain (RBD抗原決定區) 為spike protein 中胺基酸319-529 位點，
而其中的(receptor-binding motif；RBM抗原決定簇)為胺基酸437-508 。
本人將1273個基因全部比對了
隨便你指定哪一段都有
可惜PRRA在681位點
如果照你說的在三百五百之間被人工合成
公認最重要的PRRA變異並沒有包含其中
別隨便扯一段基因出來唬爛好嗎
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文章編號：87008863
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文章編號：87016123
Panchrotal wrote:
自己說S蛋白被人為剪下裝上相似度98%
被打臉後改口只有其中一小段
改口不是整個S蛋白只有RBM？
那前面說切下S蛋白是不是被推翻？
請問你的98%從哪裡算到哪裡？
改口 ? RBM 不是S蛋白 ? 而且S蛋白是和ACE2嵌合, S蛋白最重要的簇就是RBM
98% 自己看
The multiple alignments across the RBM segments revealed an 89% nucleotide (Figure 1B) and 98% amino acid identity (Figure 1C) of the Pangolin-CoV compared to nCoV-2019
還有 , MP789 不是只有一株, 比對到 97-100% 的都有
如何解釋 SARS-CoV-2 和 MP789 CoV 之間顯示正選擇（NI < 1）, 非同義（dN）替換多於同義（dS）替換, 有異於SARS-CoV-2 和 RaTG13 CoV 之間的負選擇（NI > 1) ?
蝙蝠RaTG13(淡藍線) 是最接近SARS-2的病毒 , 但是在嵌合ACE2的這一段位點 , 相似度突然和 SARS-2不像了
如果補上了 MP789 (橘色線)的這一段 , 那就又完全和 SARS-2相像了
這是 符合
石正麗的博士生曾磊平博士论文「蝙蝠SARS樣冠狀病毒的反向遺傳學系統的建立及ORFX功能研究」：
﹝將選定的 12个S（即尖峰编码）基因，并将它们插入另一种冠状病毒WIV1得到的重組嵌合病毒﹞
Panchrotal wrote:
林北將S蛋白1273個基因組全部比對
MP789的S蛋白相似度低於RaTG13
本人將1273個基因全部比對了
隨便你指定哪一段都有
可惜PRRA在681位點
如果照你說的在三百五百之間被人工合成
公認最重要的PRRA變異並沒有包含其中
隨便扯一段基因出來唬爛好嗎
S蛋白上最重要是 嵌合 ACE2 的位點 , 所有研究重點都是 RBD 區319-529 當中的 RBM 437-508
因為這有關感染與否及疫苗的免疫原性
只有您要模糊比對無關感染予否的位點1273 ? 無關感染也不是優勢免疫原性,不知道意義在那裏 ? 您高興就好
BMC Research Notes
The receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein is the result of an ancestral recombination between the bat-CoV RaTG13 and the pangolin-CoV MP789
文獻報告和您說的相反
Results
Based on the sequence analysis of the S gene, we suggest that the origin of SARS-CoV-2 is the result of recombination events between bat and pangolin CoVs. The hybrid SARS-CoV-2 ancestor jumped to humans and has been maintained by natural selection. Although the S protein of RaTG13 bat CoV has a high nucleotide identity with the S protein of SARS-CoV-2, the phylogenetic tree and the haplotype network suggest a non-direct parental relationship between these CoVs. Moreover, it is likely that the basic function of the receptor-binding domain (RBD) of S protein was acquired by the SARS-CoV-2 from the MP789 pangolin CoV by recombination and it has been highly conserved.
SARS-CoV-2 RBD shows a closer similarity to MP789 CoV RBD (96.8% homology) than to RaTG13 CoV RBD (89.56% homology)
紅框這幾個位點,MP789和SARS-2吻合, 而與RaTG13不同
另一篇
RaTG13 重組 MP789 寫在這裏
同於前面所說 ,如果RaTG13 更換了 MP789 (RBM)的這一段 , 那就又完全和 SARS-2相像了
所有報告都說明了,SARS-CoC-2 經歷過多次S蛋白重組事件
﹝將選定的 12个S（即尖峰编码）基因，并将它们插入另一种冠状病毒WIV1得到的重組嵌合病毒﹞
是石正麗的博士生曾磊平博士论文 写的
個人積分：5083分
文章編號：87016443
herblee wrote:
Panchrotal wrote:
林北將S蛋白1273個基因組全部比對
MP789的S蛋白相似度低於RaTG13
本人將1273個基因全部比對了
隨便你指定哪一段都有
可惜PRRA在681位點
如果照你說的在三百五百之間被人工合成
公認最重要的PRRA變異並沒有包含其中
隨便扯一段基因出來唬爛好嗎
S蛋白上最重要是 嵌合 ACE2 的位點 , 所有研究重點都是 RBD 區319-529 當中的 RBM 437-508
因為這有關感染與否及疫苗的免疫原性
只有您要模糊比對無關感染予否的位點1273 ? 無關感染也不是優勢免疫原性,不知道意義在那裏 ? 您高興就好
白底黑字PRRA在681位點
1273是S蛋白總基因數
你都能選擇性眼瞎
硬扯比對1273位點
我哪句提到1273位點?
硬要唬爛新冠是合成也講理一點吧
個人積分：1294分
文章編號：87016647
