1912年1月1日,孫中山發表《中華民國臨時大總統宣言書》,提出「五族共和」論:「國家之本,在於人民。合漢、滿、蒙、回、藏諸地方為一國,即合漢、滿、蒙、回、藏諸族為一人。是曰民族之統一。」對武昌起義後十數行省先後宣布獨立也作了說明:「所謂獨立,對於清廷為脫離,對於各省為聯合,蒙古、西藏,意亦如此,行動既一,決無歧趨,樞機成於中央,斯經緯周於四至,是曰領土之統一。」南北議和之後,五族共和成為民國的官方思想。孫中山認為,五色旗,「既言五族平等,而上下排列,仍有階級」,於1912年1月12日的《復參議院論國旗函》陳述其反對五色旗為國旗的多個理由。五色旗用於北洋政府。1928年國民革命軍北伐,通令取消五色旗,改懸青天白日紅旗。袁世凱的中華帝國和日本扶植的滿洲國國旗也都參照五色旗制定。