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新冠病毒不同於舊冠病毒, (1)帶正電能靜電吸附+(2)棘蛋白會變臉,有up和down二種構象,造成阻擋病毒於境外的液遞免疫"抗體"逃脫, 防不了感染,只剩下T細胞免疫在感染後"近身肉膊"清除掉病毒
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bmw_m3 wrote:
omicron還是屬於新冠病毒,棘蛋白如果有效,理論上應該可以對付所有新冠病毒,只是身體似乎有誤認的
問題,導致血栓及其他副作用.
棘蛋白如果有效 ?
棘蛋白= spike protein=S蛋白 ←是病毒表面的一種蛋白 , 用來嵌入人體的ACE2受體
病毒的構造很簡單 , 外殼一圈蛋白, 裏面沒有胞器 , 只有 RNA 遺傳物質
外殼一圈蛋白中的S蛋白, 用來嵌合人體的ACE2受體 , 接合後經由"胞吞",就把病毒的RNA送進人體,在人體生產更多病毒後代
以飛機軟式空中加油來解釋, 加油機伸出油管帶有漏斗樣的錐形拖把(Drogue) , 接上受油機的受油管(Probe) , 油料就傳送過來了
漏斗樣的錐形拖把(Drogue)如同病毒的S蛋白, 接上的 受油機的受油管(Probe)如同 ACE2受體
『抗體 』是用來綁住Spike棘蛋白, 綁住後病毒就嵌不進人體ACE2受體
傳統的病毒感染循 ﹝S蛋白 →嵌入ACE2受體 ﹞模式
過去傳統病毒一旦打疫苗後產生了抗體之後,
產生﹝S蛋白←抗體綑綁 ╳無法嵌入ACE2受體 ﹞防制病毒的模式
如圖 , 抗體(以IgG為例)呈 Y 字型 , Y字型的頂端Fab嵌合了,綁住了棘蛋白, 棘蛋白插不進受體,就無法感染
一旦打疫苗後產生了中和抗體, 固定了病毒, 病毒就被免疫細胞吞噬了
『抗體 』從那裏來 ? 人體免疫系統的B 細胞活化後製造出來的
要先送棘蛋白(S蛋白)給免疫系統辨識, 免疫系統才能事先製造出來"抗體"
這樣病毒被抗體綑綁, 再被免疫細胞吞噬掉了 , 是不可能在體內"複製"許多病毒被什麼快篩或PCR驗到
但是,這個病毒根本就不是循傳統病毒模式 , 打了三劑仍然突破性傳染?比比皆是
為什麼 ?目前的現況是 ,這個病毒無法被擋在細胞外! 為什麼 ?
(1)
因為 , 這個病毒帶正電還有 『靜電吸附』的能力 , 不必符合受體也能感染, 抗體擋不住
這一群帶正電氨基酸 K444 R509 R346 , R355 K356 R357 R466 , 在Omicron不但沒有改變,還增加到9個位點帶正電, 和之前的Alpha,Delta一樣,完全能 "靜電吸附", 能以"氣溶膠"黏上來 , 而不需要"受體"嵌合。
有三種帶正電荷的氨基酸 , 分別是 別為組胺酸H（Histidine）、離胺酸K（Lysine）和精胺酸R（Arginine）
比較18年前的 SARS-1 和 帶正電荷的SARS-2 在RBD區,帶電位點的氨基酸排列
紅框是對正電荷有影響的位點,和 SARS-CoV-1 帶電相比，SARS-CoV-2 有增強的正電荷群(圖H 藍紫色顯示帶正電荷,紅色顯示帶負電荷) , 相對之下, SARS-1 的S蛋白上藍紫色區分散而且少。
這一群帶正電氨基酸 K444 R509 R346 , R355 K356 R357 R466 和肝素的結合數 及 使用分子操作環境 (MOE) 軟體評估肝素-蛋白質接觸和能量貢獻表明, 與帶正電荷的氨基酸 R346、R355、K444、R466 和可能的 R509 有很強的相互作用。 貢獻的能量 如圖
如圖K444 R509 R346 , R355 K356 R357 R466(綠色) 這幾個帶正電荷位點, 不是在接合ACE2(紫色)的位置上, 而是位於遠端 , 就算就算綁住了S蛋白RBD去嵌合ACE2 ,這個遠端還能有"額外"的"靜電吸附"力
『抗體』就算綁住了S蛋白去嵌合ACE2 , 但這遠端還是能"黏"上帶負電的HSPGs ,造成逃脫"抗體"綑綁
和 SARS-CoV-1 帶電相比，SARS-CoV-2 有增強的正電荷群 , 能和 帶負電荷的 硫酸乙酰肝素蛋白聚醣HSPGs結合，獨立於結合Spike棘蛋白ACE2受體的模式 ，利於 SARS-CoV-2 黏上人類細胞 , 以雙重結合模式去感染人類細胞。
(2)
因為 , 這個病毒的棘蛋白Spike會『變臉』 ,有二種外型
由於蛋白的 α螺旋和 β-strands折疊 , S蛋白 有 down 和 up 二個構象
右圖所示,棘蛋白Spike上綠色的蛋白 up 伸出來嵌合了ACE2
左圖,棘蛋白Spike上以綠色顯示的蛋白 也會變臉 , 折疊 down 躺下去
『抗體』就認不出來 , 造成逃脫"抗體"綑綁
疫苗 是 仿製了病毒的棘蛋白Spike這種抗原 Antigen
送進人體讓免疫系統辨識
抗原 Antigen 是刺激人體產生抗體 Antibody , 而人體免疫系統對於抗原Ag 是經由抗原呈遞細胞APC
抗原呈遞刺激不同的未成熟的初始T細胞（naïve CD8+ and CD4+ T cells）分別變為成熟的「胞毒 CD8+T細胞」和「輔助CD4+T細胞」
看不懂棘蛋白如果有效,理論上應該可以對付所有新冠病毒??這一句??
病毒 RNA 是一串 2萬多近3萬個鹼基 , 所排成的序列
我們知道 3個鹼基組成密碼子, 可以指定產生 某一種 "氨基酸"
蛋白質是以"胺基酸"為結構單元所組成的長鏈分子, 蛋白質是由20-22種胺基酸組成。
RNA鹼基排序 →那一種"氨基酸" →組成那一種蛋白質
一串 2萬多近3萬個鹼基, 傳到下一代會不會改變 ? 會 , 就像傳話遊戲, 從隊伍首端通過耳語或肢體語言傳達一句話至隊尾，當初最早的那句話已變得面目全非。
所以RNA排序改變,蛋白質就會變
遊戲過程中是，兩人在進行傳話時，不會直接傳給第三人, 第三人是間接來自第二人的資訊, 所以傳播者誤聽或添油加醋而出錯,這個出錯就是"突變"。
"突變"了 + 帶電能靜電吸附 + 棘蛋白會變臉 , 要如何對付所有新冠病毒?
能 舉一反三 , 以一個舊冠病毒的"棘蛋白"認出所有新冠病毒? 是『交叉免疫』保護
『交叉免疫』舉一反三保護 需要 Th cell T輔助細胞的功能正常 , 以及APC細胞的抗原呈遞
免疫系統碰過舊冠病毒 有了記憶 , 下一次碰到 新冠病毒就能『舉一反三』認出來
《論語·公冶長》：「子謂子貢曰：『汝與回也孰愈？』對曰：『賜也何敢望回。回也聞一以知十，賜也聞一以知二。』子曰：『弗如也，吾與汝弗如也』。
這在免疫系統 , 就是所謂的 『交叉免疫』cross immunity 保護
這也就是 Edward Jenner 愛德華簡納醫生, 發現擠牛奶的女工不易感染天花,進而在1798 年，他對名為“牛痘”的天花疫苗的研究，描述了牛痘對天花(人痘)的保護作用。
“牛痘”是牛的痘病毒 , 為何可以保護 人類的痘病毒攻擊 ?
因為牛痘和人痘是親戚病毒 ,有相似的蛋白 , 接種牛的痘病毒, 也會進而認識人的痘病毒, 舉一反三之後,有『交叉免疫』cross immunity 保護 。
舉二個例子, 免疫系統 「舉一反三」是存在
(1) 得過其它親戚人類冠狀病毒 OC43， NL63的人, 能免於重症
血清陽性率研究表明，最常見的是 OC43，其次是 NL63、HKU1，最後是 229E。
許多未感染過新冠病毒, 也沒打過疫苗的人,體內卻早已存在對抗新冠病毒SARS-CoV-2的交叉反應抗體
美國曾經收集2019大流行前的血液樣本, 發現在這個病大流行前的血清, 已經找到對 SARS-CoV-2 有交叉反應的抗體。
而且由醫院輕症和重症病房的統計得知 , 有 OC43/ NL63 抗體的病人, 大多是輕症 , 重症病人大多沒有親戚冠狀病毒的抗體。
推測這是之前感染類似普通感冒OC43，NL63、HKU1等輕微症狀冠狀病毒親戚 ，如同牛痘對人痘(天花)有交叉反應 , 先前其它種類的冠狀病毒感染對 SARS-CoV-2這個親戚也產生了交叉免疫反應。
(2)18年前得過 SARS 的患者 , 在打過SARS-CoV-2的疫苗之後, 抗體比一般人高很多倍 , 證明存在免疫記憶 能維持10多年之久
18年前高雄長庚一名得了SARS後倖存下來醫護, 抗體效價比沒有SARS感染的員工，接種1劑抗體效價提高了68倍, 7名 SARS康復者抗體比一般人高出8.5倍, 代表SARS康復者有持久性「免疫記憶」
因此,基於(1)"有交叉免疫反應"及(2)持久性「免疫記憶」這兩點 , "現有疫苗"仍有能力產生刺激, 讓免疫系統認出變種病毒
由病毒的RNA排序上的改變,就能知道"蛋白"改變了。棘蛋白若改變了 , 抗體可能嵌不上去,造成綑綁失敗
怎麼說棘蛋白如果有效,理論上應該可以對付所有新冠病毒????
身體誤認?
這個病毒嵌入的受體ACE2 是腎素-血管緊張素-醛固酮系統 (RAAS) 的關鍵調節因子。
當SARS-CoV-2 嵌上了ACE2 ,會導致 ACE/ACE2 平衡破壞和 RAAS 激活，最終導致 COVID-19 病變，尤其是在患有高血壓、糖尿病和心血管疾病等合併症的患者中。
疫苗由於是模擬病毒棘蛋白, 棘蛋白嵌入的受體ACE2 造成RAAS失衡, 疫苗中的蛋白當然也會嵌入ACE2受體, 當然同樣會對高血壓、糖尿病和心血管疾病等合併症的患者中造成RAAS失衡 。
造成這個疫苗的副作用 大多不是傳統的過敏 , 而是與心血管有關的 "血栓" ? 心肌炎 ?
bmw_m3 wrote:
自己也覺得如果可以做出能夠對付所有冠狀病毒的疫苗才會一勞永逸,當然也許沒這麼單純,有待專家
持續研究.
棘蛋白 是一種抗原 , 進入人體後此種"抗原"會呈的給 APC抗原呈遞細胞 Antigen Presenting cell , 以產生抗體及T細胞毒殺
我們的免疫系統有二大部份 , 液遞出去的抗體能中和病毒←這是阻絕境外 , 漏網之魚有第二道防線"T細胞免疫"在感染後清除病毒
現在這個病毒這一群帶正電氨基酸 , 在Omicron不但沒有改變,還增加到9個位點帶正電, 和之前的Alpha,Delta一樣,完全能 "靜電吸附", 能以"氣溶膠"黏上來 , 而不需要與"ACE2受體"嵌合。
造成液遞免疫的"抗體"綑綁病毒失敗
主要的保護力轉移為細胞免疫, 而非液遞免疫的抗體, 必須等病毒入侵後 , 活化T細胞免疫去清除病毒 。
雖然無法擋住病毒侵入， Omicron和之前的Alpha,Delta病毒一樣"突破性感染",能被驗到PCR陽性，但是免疫系統不是只有"液遞" , 還有細胞免疫 , 疫苗 仍然事先讓T細胞產生了免疫, 做感染後的病毒清除 。
疫苗能減少重症及死亡 。
左邊"抗體"逃脫 , 但是右邊的T細胞能清除病毒
無法依賴抗體中和病毒 , 只能於侵入後再由 T細胞免疫清除掉病毒
由於抗體綑綁失效,不存在"群體免疫"herd immunity", 但並非防線完全失守
打疫苗後 T細胞會記憶住這個病毒 ，將來病毒進來後, 會活化殺手細胞展開毒殺。 最終清除掉病毒。疫苗能減少重症及死亡 。
這個 "保護力"是來自入侵後清除 !本來就無法保護病毒入侵 和病毒繁殖
沒打疫苗的, 或是有免疫疾病的,三高, 60歲以上就算打過疫苗 ,4歲以下小孩, T細胞也未必能活化,當然是高危險
疫苗只是抗原 , 保護力是 疫苗這個抗原刺激出來的
必需經過 Antigen Presenting"抗原呈遞" 的過程
APC "Antigen Presenting cell"包括 巨噬細胞、B細胞及樹突狀細胞, 能將抗原+MHC複合物質提呈給T細胞的一類輔佐細胞。T 細胞可以使用它們的T 細胞受體(TCR)識別這些複合物。
T細胞不必認整個 S 蛋白 , 它認的是添加識別記號MHC II且被胞吞的"更小的胜肽" , 病毒就算變種了,變臉了,造成抗體認不出來 , 但很難逃過T細胞免疫,會被認出來,一樣能將病毒吞噬
抗原要先被APC細胞(B細胞)吞噬 , 進入APC細胞內 , 此抗原被B細胞(也是APC細胞)的吞噬作用
（phagocytosis）吸收後，在吞噬體（phagosomes）中因和溶酶體（lysosomes）結合而分解，釋放出附著在抗原上的蛋白酶。酶分解了抗原後，抗原的碎片(更小單位的胜肽)就附著在MHC II（主要組織相容性複合體 II）分子上，並出現在其外表面。
MHC II（主要組織相容性複合體 II）是免疫細胞添加上去的記號, 代表這個Ag抗原曾經被APC細胞吞噬過(如同罪犯被逮補過), 這個『蛋白』屬於是侵入的病原所有, 加上記號是記憶分類其為"致病病源", 避免誤判 。
一旦複合體Ag抗原+MHC II出現在外表面，CD4+輔助型T細胞就和MHC II+抗原複合體結合，激活B細胞 成為漿細胞(plasma cell ) 才會製造相對的,針對此抗原的抗體 , 抗體才釋放到細胞外液, 以阻絕境外 。
但是,這個病毒 能逃脫抗體綑綁, 有抗體照樣帶電黏上來, 當然就會侵入人體
T細胞對於病毒的辨識不同於抗體
這些病毒蛋白質(抗原) , 是經由抗原呈遞細胞（antigen-presenting cell、APC）分解成蛋白片段較小的肽(胜肽)。
胞吞 → 分解(蛋白片段較小的肽)→添加MHC2組成複合體 →抗原呈遞
T細胞不是認整個S棘蛋白, 而是拆解為較小的"胜肽"認出病毒
打比方如同認人不是認 整個臉 , 而是拆開成 眉毛 眼睛 鼻子 耳朵來認 , 例如蠟筆小新以"一字眉"被認出來, 人臉是以鳳眼, 朝天鼻 ,招風耳 的形式被認來是"那個人"
抗體失效 , 只能靠 T細胞近身肉膊去清除 , 三高,60歲以上,癌症,有免疫缺陷,4歲以下,T細胞功能下降? 疫苗效果就會大打折扣
bmw_m3 wrote:
此外是否rna病毒不適合使用疫苗的方式,比較適合使
用藥物的方式,這部分也希望世界上的專家能夠公正
不受影響的做出研究判斷.
RNA 病毒已經做了多種疫苗
https://www.mohw.gov.tw/cp-5017-61646-1.html
送一段mRNA進來 ,是把身體當成工廠合成蛋白質, 生產耗能, 廢料都在人身上 的問題
唉..藥物
目前除了Dexamethasone 這種類固醇藥物 , 可免除干擾素（Interferons, IFN）白血球介素（Interleukins, IL）,促炎因子Colony-stimulating Factors（CSFs）及腫瘤壞死因子（Tumor necrosis factor, TNF）引發 "免疫風爆"Cytokine Storm
其它針對《依賴性RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase, RdRp）》的藥物,如Molnupiravir ,Paxlovid 都是抑制/干擾病毒RNA的複製, 都必需早期, 等驗到陽性?病毒早已複製完成,來不及了
對於這個病毒 , 很難單點 , 很難只要 "這個" , 不要"那個" ? 而是要點"套餐" , 從隔離檢疫到疫苗藥物是全都要 , 無法偏廢
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bmw_m3 wrote:
樓上提到靜電吸附,不知道教科書裡面有沒有提到,這是新的理論還是早已存在,
上文的內容已經說明
提到 18年前的 SARS 沒有, 其它冠毒也沒有這麼多帶正電荷群
期刊論文是作者第一手的實驗結果
教科書 只是將 期刊論文 的內容整理之後匯編
教科書 TEXTBOOK還是依據期刊論文, 比較像Review paper, 因為教科書用來教學生,通常是泛論通論內容也不會寫到這麼深入, 教科書在章節後方都會列期刊出處, 通常出版時間也會落後期刊論文"很多很多年",所以,目前的教科書不可能有。
前面說過
組胺酸（Histidine）縮寫為His或H、其脂肪酸有第二個胺基；
離胺酸（Lysine）縮寫為Lys或K, 有弱解離的咪唑團(imidazole)
精胺酸（Arginine） 縮寫Arg, R，有一個帶正電的胍基(guanidine group)
在正常生理環境下帶正電。
最早是英國倫敦聖喬治大學的腫瘤學教授達格利什（Angus Dalgleish） 和挪威病毒學家索倫森（Birger Sørensen）, 在下面這篇文章提出
The Evidence which Suggests that This Is No Naturally Evolved Virus
A Reconstructed Historical Aetiology of the SARS-CoV-2 Spike
Birger Sørensen, Angus Dalgleish & Andres Susrud
Immunor & St Georges University of London
發現 Spike 三聚體中可以看出，大多數陽性帶電氨基酸位於Spike棘突蛋白附近或頂部，為受體結合域提供了一個pI=8.906，而 Cov-2 特定的 Cys538-Cys590 鹽橋salt bridge帶來了 526-560 的額外電荷（甚至更高的 pI=10.03）通過 Cys391-Cys525 到受體結合基序旁邊的位置（其中 ACE2受體位於）。
通過結構域的 Cys-Cys 橋接 (538-590) 直接進入 RBD 的核心（到大約位置 400）。 這個新的插入到 SARS-CoV-2 尖峰spike中的 Cys-Cys 屬性( 兩性離子Zwitterion,內鹽或偶極離子), 在 SARS-CoV-1病毒中並不存在。
第二篇 是 cell 細胞 這本期刊 登出來的
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31230-7?rss=yes
Cell, VOLUME 183, ISSUE 4, P1043-1057.E15, NOVEMBER 12, 2020
SARS-CoV-2 Infection Depends on Cellular Heparan Sulfate and ACE2
紅框框起來的就是對正電荷有影響的氨基酸 , 並標示有位點
還比較了 SARS-1的該位點 氨基酸是如何轉變 為 帶正電的 SARS-2
帶正電荷的殘基位於ACE2結合位點的遠端
帶正電荷的殘基在遠端 , 根本就不是 ACE2 受體的結合位點
SARS-CoV-2 有增強的正電荷群 , 能和 帶負電荷的 硫酸乙酰肝素蛋白聚醣HSPGs結合，獨立於結合Spike棘蛋白ACE2受體的模式
這個病毒帶有正電荷群 K444 R509 R346 , R355 K356 R357 R466, 和細胞結合的部份, 並非只有ACE2
由SARS1的 ERKR →SARS 2 的NRKR 這涉及兩個位點的改變 Glu(E)354Asn(N) 及 Lys(K)357 Arg(R)
354由SARS1 的麩胺酸(glutamic acid) 帶負電 , 轉變為SARS-2的天門冬醯酸(Asparagine)N取代後轉變為中性, 但這個中性N, N354在 △ E為負值<0 , 表示有可以做功的能量 , 加上R355 K356 R357 讓整體 帶正電的情況改變
這一群帶正電氨基酸 K444 R509 R346 , R355 K356 R357 R466 和肝素的結合數 及 使用分子操作環境 (MOE) 軟體評估肝素-蛋白質接觸和能量貢獻表明, 與帶正電荷的氨基酸 R346、R355、K444、R466 和可能的 R509 有很強的相互作用。 貢獻的能量 如圖
除了 SARS-CoV-2 中的 Asn354 是 SARS-CoV-1 中帶負電荷的谷氨酸殘基外，預測與寡糖協調的其他氨基酸殘基是保守的。除了進入受體 ACE2 和跨膜蛋白酶絲氨酸 2 (TMPRSS2) 之外，SARS-CoV-1 已被證明與細胞 HS 有相互作用。
但是 和 SARS-CoV-1 帶電相比，SARS-CoV-2 有增強的正電荷群 , 能和 帶負電荷的 硫酸乙酰肝素蛋白聚醣HSPGs結合，獨立於結合Spike棘蛋白ACE2受體的模式 ，利於 SARS-CoV-2 黏上人類細胞 , 以雙重結合模式去感染人類細胞。
第三篇
Three-fold mechanism of inhibition of SARS-CoV-2 infection by the
interaction of the spike glycoprotein with heparin.
arXiv:2103.07722
這個病毒實驗證據表明帶負電荷的HSPGs 作為共同受體，通過結合Spike棘蛋白，利於 SARS-CoV-2 黏上人類細胞。
結合肝素鏈的棘蛋白, 模擬後獲得的結構顯示為分子靜電映射到它們的表面以顯示部分帶正電荷的路徑，
可與肝素 結合。肝素以帶青色碳元素著色的棒狀表示形式顯示。
黃色虛線顯示棘蛋白和肝素之間的 H 鍵。close封閉和開放open的插圖構象突出了肝素和 RBD（T345、R346、N354、R355、N360）和 S1/S2（R682、R683、R685）HBD 表示
HSPGs 延伸出去的支鏈HS
第四篇
Front Mol Biosci. 2020; 7: 591873.
Published online 2020 Dec 9. doi: 10.3389/fmolb.2020.591873
PMCID: PMC7755986
PMID: 33363207
Spike Proteins of SARS-CoV and SARS-CoV-2 Utilize Different Mechanisms to Bind With Human ACE2
SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的刺突蛋白利用不同的機制與人 ACE2 結合
Abstract 摘要
我們實施了多尺度計算方法來研究人類 ACE2 和 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的 S 蛋白的結合機制。計算並詳細比較了 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的靜電特徵，包括靜電勢、電場線和靜電力。結果表明，即使在不同的距離下，SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 S 蛋白都通過靜電力對 ACE2 具有吸引力。然而，由於 SARS-CoV S 蛋白和 SARS-CoV-2 S 蛋白之間的突變，導致靜電特徵的殘基完全不同。對這些差異進行了全面分析。與 SARS-CoV 相比，SARS-CoV-2 使用更穩健的策略與 ACE2 結合：電場線相關殘基的分佈完全不同，這導致 SARS-CoV-2 的結合策略更穩健。此外，SARS-CoV-2 具有比 SARS-CoV 更高的電場線密度，這表明與 SARS-CoV 相比，SARS-CoV-2 和 ACE2 之間的相互作用更強。本研究確定了參與鹽橋和氫鍵的關鍵殘基
第五篇
The binding of heparin to spike glycoprotein inhibits SARS-CoV-2 infection by three mechanisms
Journal of Biological Chemistry ,Volume 298, Issue 2, February 2022, 101507
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.101507
況且這帶正電荷的區域橫跨 S1 到 S2
第六篇
Interactions Of The Spike Protein And Heparin
https://prace-ri.eu/interactions-of-the-spike-protein-and-heparin/
Three-fold mechanism of inhibition of SARS-CoV-2 infection by the interaction of the spike glycoprotein with heparin
又有 down 和 up 二個構象
利於 SARS-CoV-2 黏上人類細胞 , 以HSPGs 和ACE2雙重結合模式，感染人類細胞。
第七篇
Signal Transduction and Targeted Therapy volume 6, Article number: 39 (2021)
Engaging the spikes: heparan sulfate facilitates SARS-CoV-2 spike protein binding to ACE2 and potentiates viral infection
首先 , 帶負電荷的HSPGs 硫酸類肝素, 支鏈HS 能與 S1 上的正電荷群 "靜電吸附" , 這 促進了最初的 SARS-CoV-2 病毒粒子與宿主細胞的對接
受體 ACE2 結合位點的旁邊, 就是帶負電HSPGs硫酸類肝素與S蛋白帶正電氨基酸群的接合位點, 兩者彼鄰,所以HSPGs 也加強了 ACE2 受體的結合
帶負電的 HS 有對於帶正電的病毒S蛋白, 產生"病毒收集器”的作用，但病毒進入需要隨後轉移到蛋白質受體。而HS與細胞膜上的病毒顆粒直接接觸並隨後促進了開放的 RBD up 構象
這個病毒681-PRRA-684的插入, 讓它自備了Furin蛋白酶, 切開S1/S2 , 讓S2溶開細胞膜, 胞吞作用進入細胞。
第八篇
ChemBioChem combining chemistry and biology 12 January 2022
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cbic.202100681
Charge Matters: Mutations in Omicron Variant Favor Binding to Cells
電荷問題：Omicron 變體中的突變有利於與細胞結合
Abstract 摘要翻譯
由於Omicron 變體中存在突變，刺突蛋白的表面帶高正電荷。對於 SARS-CoV-2 與宿主細胞的結合，與覆蓋細胞表面的硫酸乙酰肝素聚甘油HSPGs的靜電相互作用起著至關重要的作用。分子動力學模擬表明，Omicron 刺突S蛋白與多硫酸鹽LPGs的相互作用比野生型強得多。我們推測這種增強的相互作用有利於 Omicron 的結合，因此有利於隨後的細胞進入和感染。
bmw_m3 wrote:
如果病毒可以這樣逃逸,那疫苗效果可達50%~90%是怎麼來的?最後得靠自身免疫力,所以打疫苗後的副作用算是白捱了,其實以上都不重要,非常瞭解
又如何,可以提供一個能夠停止疫情的方法嗎?
可達50%~90%是怎麼來的?
依據的是 『中和抗體』Titer= 效價 / 力價 / 滴度
抗體效價 titer是對血液做測試，要確定血液中抗體的存在,以及它的有效力價(抗體綑綁病毒的能力)。方法為稀釋血清直到抗體仍然能綁住病毒的最小倍數?測試放多少抗體進入培養瓶能抑制住病毒,而不產生CPE現象, 所以又稱為滴度。
是為了調查體內是否存在由外來入侵者（抗原）, 以及該抗原引發的免疫反應強度為多少?
一般都是以 疫苗刺激所產生的抗體, 高於自然感染康復者所產生的抗體, 視為有保護力
疫苗有效的指標 , 都會對比康復者的血清抗體
Coronavirus disease 2019 vaccine response in pregnant and lactating women: a cohort study
AJOG | VOLUME 225, ISSUE 3, P303.E1-303.E17,
如圖, BNT 和 Moderna 所產生的抗體,高於 康復者的血清抗體
但是 SARS-2病毒根本不一樣 , 它的S蛋白帶有一連串的正電荷位點, 還能以『靜電吸附』雙重模式感染
也就是 SARS-2 的保護力 , 不是直接以『中和抗體』嵌合病毒
到底抗體力價要高到多少才有保護力 ?
Neutralizing antibody levels are highly predictive of immune protection from symptomatic SARS-CoV-2 infection
Nature Medicine volume 27, pages1205–1211 (2021)
這一篇報告顯示
估計的保護閾值為自然感染者平均恢復期抗體水平的 28.6% (95% CI = 19.2–29.2%)。
(抗體達到自然感染者恢復期抗體均值的 28.6%就有保護力免於有症狀 )
保護免受嚴重感染的中和抗體平均值(50%) 是自然感染平均恢復期抗體均值的 3.0% (95% CI = 0.71–13%)，顯著低於保護免受有症狀感染所需的 20% ( P = 0.00039,似然比檢驗，補充表5）（圖3a）。
(抗體達到自然感染者恢復期抗體均值的 3.0%(0.71–13%) 就有保護力免於重症 )
也就是對於COVID-19 這個病，抗體 非如過去的自然界病毒，中和抗體能完全擋住病毒, 所以，抗體的高低已經無所謂了 。
有很低的抗體 ，低到 自然感染者恢復期抗體 3.0% 就能防重症 , 低到 自然感染者恢復期抗體 28.6% 就能防止發生症狀。
主要的保護力是細胞免疫, 而非液遞免疫的抗體, 必須等病毒入侵後 , 活化T細胞免疫去清除病毒 。
這抗體 比原本的想像低很多, 就有保護力
這個病,由於不是依賴抗體 的保護 , 只要有自然康復者抗體的 26%就能免於症狀 , 自然康復者抗體的3%就能免於重症。
造成無法依賴抗體中和病毒 , 只能於侵入後再由 T細胞免疫清除掉病毒
但打疫苗後 T細胞會記憶住這個病毒 ，將來病毒進來後, 會活化殺手細胞展開毒殺。 最終清除掉病毒。疫苗能減少重症及死亡 。
因為這個 "保護力"是來自入侵後T細胞清除 ! 根本無法保護病毒入侵 和病毒繁殖
最後得靠自身免疫力?
本來就是這樣
傳統上對於病毒性的感染, 病毒性的疾病, 就是靠宿主免疫力產生抗體綑綁了病毒 及 細胞毒殺
只是預先有免疫記憶 , 免疫反應會變快, 反應強度也會大
疫苗就是用來預先產生"免疫記憶"
而從來都不是如同細菌性的疾病 , 有"抗生素"能殺死病毒
當然現在也發展出許多"抗病毒藥物"
例如oseltamivir商品名克流感（Tamiflu）作用的靶點是分布於流感病毒表面的神經胺酸酶,與該酶結合抑制神經胺酸酶的活性可以阻止病毒顆粒的釋放(出芽budding)，切斷病毒的擴散鏈
但是目前的新冠藥是針對 RdRp , 不是針對病毒出芽
bmw_m3 wrote:
有沒有機會能夠研發一種可以對抗所有冠狀病毒的疫苗, 例如只要看到長得像冠狀病毒就有效,而不是稍微小改變就失效.
唉 ............
這個病毒就不是 "傳統病毒" , 怎麼拿傳統病毒的思維? 以為是以前的傳統病毒? 打了疫苗 就不會感染 ?
忘記我們的免疫系統有二大部份 , 液遞出去的抗體能中和病毒←這是阻絕境外 , 漏網之魚還有第二道防線"T細胞免疫"在感染後清除病毒
不是第一線抗體綑綁失效 ? 就是 防線 完全失效 ?
再舉例說明,如同民國38年的金門戰役（古寧頭大捷）, 解放軍第三野戰軍（三野）第十兵團第28軍第82師第244團,第84師第251團,第85師第253團 有沒有登陸, 有 , 上岸了 !
並不是 被岸置鐵絲,刺網 和地雷 檔住(當時也沒有) , 上岸了就是防守失效
解放軍會上岸, 就說防守海岸的青年軍201師潰散了? 沒有嘛! 我軍(T細胞)就會接戰, 會駁火 (發燒發炎)
解放軍上岸之後, 就被國軍戰車第3團第一營第一排3輛M5A1戰車擋住 , 海上的後路機帆船, 又被 海軍中榮號戰車登陸艦等，太平艦 砲擊 , 加上空中18架自臺灣起飛支援的P-51戰鬥機轟炸 , 以三軍多兵種聯合作戰的口袋戰術進行了反包圍戰 。
是登陸入侵了沒錯? 解放軍有沒有登陸金門? 有 ,登陸了是不是還有殺傷力?是, 我軍會有戰損 , 但解放軍已經被包圍了
只是中間有三天的戰鬥 , 會有雙方駁火 (發燒發炎) ,我方會有戰損, 包括戰一連戰車炮誤炸了青年軍201師警衛連(引發免疫風爆或IL-6引發MIS-C ), 最後解放軍全軍覆沒
這個病毒能『靜電吸附』, 就算擋住ACE2受體,防止這個入侵門戶被嵌入,病毒仍然會黏上來,進入人體被驗到PCR陽性, 並無法依賴抗體去中和病毒 , 只能於被侵入後再由 T細胞免疫清除掉病毒
抗體的高低已經無所謂了 , 打第三劑是為了補強T細胞免疫 ? 抗體再高 , 同樣會被靜電吸附黏上來
但是 , 沒打疫苗的, 或是有免疫疾病的,三高, 60歲以上就算打過疫苗 ,4歲以下小孩, T細胞也未必能活化,當然是高危險
面對病毒接戰, 病毒靜電吸附,潛伏進來感染會如何?
依據美國CDC發病率和死亡率周報MMWR發布的兩份報告，COVID-19 疫苗接種繼續幫助保護成年人免受 COVID-19 的嚴重疾病，包括住院和死亡。
https://www.cdc.gov/mmwr/index.html
在 Omicron 期間，所有成年人與 COVID-19 相關的住院率均有所增加，無論其疫苗接種狀態如何，但未接種疫苗的成年人的住院率是接受加強劑或額外劑量的成年人的 12 倍。在 Omicron 高峰期，非西班牙裔黑人成年人的住院率也最高，黑人成年人的住院率是白人成年人的近 4 倍。
此外，mRNA 疫苗在預防 COVID-19 相關呼吸困難血氧下降或死亡方面仍然非常有效，包括在 Omicron 時期。接種第三劑疫苗的成年人的保護最高，在 Omicron 期間將 COVID-19 相關接上呼吸器或死亡的風險降低了 94%。
抗體無效! 能憑借倚仗的是 打過疫苗後產生的 T 細胞免疫 能在感染後 清除病毒
對於這個病毒,疫苗雖不能阻絕境外 ,但最後還是能清除病毒 , 過程必然要T細胞去巷戰肉膊 ,這需要幾天的時間 , 所以會經歷感染發燒的過程
滲出去的抗體無法阻擋病毒感染 ,因此不存在"群體免疫"herd immunidy , 但是,單打獨鬥的個體免疫 仍然存在
因為T細胞能清除病毒, 所以必先有感染, 病毒才會和T細胞正面遭遇 。這個感染發燒的過程是正在清除病毒, 是正面和病毒做"近身肉膊"當中
不能一廂情願以為這個病毒能阻絕境外? 會完全沒有戰損 , 病毒完全不會進來 ?
bmw_m3 wrote:
此外,國外有許多治療協定,神藥只是其中一種藥物而已,醫藥界對這些資料的看法是什麼,這些單位裡面的醫生與
博士難道都是假的?
看不懂 ?治療協定?神藥?
當然在 NIH 有 Guideline
https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/
The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Treatment Guidelines is published in an electronic format that can be updated in step with the rapid pace and growing volume of information regarding the treatment of COVID-19.
2019年冠狀病毒病 (COVID-19) 治療指南以電子格式發布，可以隨著 COVID-19 治療信息的快速增長和不斷增長的信息量同步更新。
