一九四六年，媽祖宮庄民集資重建天后宮，次年春落成，恭迎「鹿耳門媽」回宮奉祀。--引用廟方簡介--
耳門天后宮，屬南方寺廟之閩式建築代表，具備三川五門、三川殿(前殿)、正殿(大殿)、後殿、左右迴廊貫通，一氣呵成之三殿式格局。正殿主祀「鹿耳門媽」、鎮殿媽祖、配祀關帝聖君、延半郡王、水仙尊王、四海龍王、觀音佛祖、三官大帝、南北斗星君、福德正神、財神爺、月老公、臨水夫人、註生娘娘、太歲星君、文昌帝君。
藻井傳說：明太祖朱洪武，被元兵追趕到 一廟中躲進八仙桌下，僅見蜘蛛在結網，乃說：如能保佑我不被元兵逮捕， 日後必當報答洪恩。果真躲過元兵追捕，日後重修該廟時，仿照蜘蛛結網圖像 ，於廟殿屋頂建一蜘蛛結網以為酬謝。
天井
為傳統南方的寺廟建築，除有採光、通風外，並象徵步步高昇之意。
天后宮的斗栱，由樟木雕刻，乃按中國古時建築插筍結拼而成，有人 物、花鳥、吊籃、瓜筒等等，並用金泊一一裝飾，外觀顯得金碧輝煌，燦爛 奪目。
鹿耳門公館建於清乾隆42年，是內路商賈官員往來內陸與台灣間，休憩候船之處所。
